המוסד הוא שלוחה של שירותי הביטחון הישראליים העוסקים באיומים חיצוניים – ריגול וריגול נגדי, מחוץ לישראל. שב"כ עוסק באיומים פנימיים – פעולות חתרניות או טרור שמבצעות על ידי פלסטינים (וגם ישראלים) בשטחים.
ההבדל הוא תחום המיקוד והאחריות
זה דומה מאוד להבדל בין ה-CIA האמריקאית – סוכנות הביון המרכזית ל-FBI – הבולשת הפדרלית.
הראשון, המוסד (כמו ה-CIA) אחראי על איסוף המודיעין מחוץ למדינת ישראל, ומכאן משתף פעולה נרחב עם אמ״ן – המודיעין הצבאי של צה"ל.
השב"כ (או "שירות הביטחון הכללי או השין-בית) כמו ה-FBI או השירות החשאי בארצות הברית, אחראי על מודיעין ביטחון הפנים ומשתף פעולה נרחב עם משטרת ישראל.
בגלל הקרבה לאיום על ישראל, בהיבטים רבים השב"כ משתף פעולה גם עם יחידות צה"ל.
שני השירותים גם עובדים בשיתוף פעולה הדוק ומשתפים מידע מודיעיני באופן רציף.